KBDD (K supercomputer-Based Drug Discovery project by Biogrid pharma consortium)プロジェクトとは、NPO法人バイオグリッドセンター関西が運営しているスパコンにおける創薬基盤を構築するコンソーシアムで、製薬企業約20社、IT企業2社、京大、阪大、産総研、横浜市大、兵庫県大、千葉大・医、都市活力研究所、神戸医療産業都市推進機構が参画しています。
2012年度には、蛋白質約600と低分子化合物3000万の相互作用を機械学習法(SVM)で計算し参画の製薬企業にデータを提供しました。
また、2012年度から蛋白質と化合物の結合自由エネルギーを見積もるアプリケーションMP-CAFEEの産業利用の可能性について検証を行なっており、計算精度の検証、一連のワークフローの構築、GUIの開発などを行なってきました。今後はこれらのノウハウを提供し、創薬の現場で利用できるようにし、さらに新たなアプリケーションについても順次検証を行い、創薬現場で利用できるようにする予定です。現在はMSM法を利用したKon、Koffの算出に取り組んでいます。